אגף הדיג פועל לשם מניעת יבוא מיני דגים חיים לישראל, באופן אשר יבטיח את קיום אוכלוסיית הדגים הטבעית.

אל ישראל נכנסים דגים ממספר סיבות עיקריות - יבואני דגי נוי אשר מספקים את צרכי השוק וכן יבוא לצרכי רבייה וחקלאות. בעת יבוא של מיני דגים ממדינות שונות קיים חשש שמינים אלו יפגעו באוכלוסיית הדגים המקומית, אם על ידי העברת מחלות או על ידי השתלטות של מינים פולשים על ביוטופים קיימים.

על מנת להקטין סיכונים אלו פועל האגף לדיג בשיתוף עם רשויות המכס, רשות הטבע והגנים והשירותים הווטרינריים. בפועל לשם קבלת היתר יבוא נדרש היבואן לעמוד בדרישות האגף אשר מתואמות עם שאר הגופים הנוגעים בדבר. הסגר לתקופה מוגבלת של דגים אשר מיובאים לארץ, הוא אחד הכלים החשובים, שמטרתו מעקב אחר מצבו הבריאותי של הדג ומניעת התפשטות מחלות.

כלי נוסף העומד לרשות מנהל אגף הדיג הנה ועדת האינטרודקציה. ועדת מומחים זו הינה גוף מייעץ אשר בוחן את הסיכונים הכלולים במתן היתר יבוא למין שאינו מקומי בישראל. בועדה חברים מומחים מתחומים שונים אשר בוחנים את הסיכונים העלולים להגרם כתוצאה מבריחת מינים לא מקומיים לטבע. הועדה מתכנסת מעת לעת בהתאם לדרישות היבוא המונחות על שולחן מנהל האגף.